20世纪80年代前，医药行政管理是一个分别由石化、商业、轻工、科技、卫生等分散、多头管理的系统。

1980年6月，随着医药行政管理体制的改革，广西成立了自治区医药管理局，药品有了专门的医药行业管理和卫生行政部门的质量监督管理部门。

1998年，根据《国务院亚博游戏官网：机构设置的通知》精神，国家药品监督管理局组建。

2000年9月，根据中央和广西体制改革精神和机构设置方案，广西撤销了自治区医药管理局，组建成立了自治区药品监督管理局，为自治区人民政府直属的主管药品监督管理的行政执法机构，主管药品监督管理工作，实行自治区以下垂直管理体制。

2004年，组建食品药品监督管理部门，在原有职能的基础上，增加对食品的综合协调管理和化妆品、保健品的审批管理。

2009年5月，为适应《食品安全法》对部门监管职责调整的需要，食品药品监管部门承接由原卫生部门承担的餐饮服务食品安全监管职责，将综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责划给卫生部门；2010年，我区将食品药品监督管理体制调整为市、县政府分级管理，食品药品监管部门增加了保健食品、化妆品监管职责。自治区食品药品监督管理局由政府直属机构调整为部门管理，机构规格为保留正厅级作为过渡，人、财、物管理渠道不变；市、县食品药品监督管理局独立设置、作为政府工作部门。

2011年自治区成立了食品安全委，办公室设在食品药品监管局。

2013年，我区将原自治区食品安全委办公室、食品药品监管部门、工商部门、质监部门的食品安全监管和药品管理职能进行整合，组建新的自治区食品药品监督管理局，为自治区政府直属机构，负责履行食品、药品、保健食品、化妆品和医疗器械等“四品一械”的监督管理和食品安全综合协调职能。

2018年，在新一轮的机构改革中，根据《广西壮族自治区机构改革方案》，组建广西壮族自治区药品监督管理局并于2018年11月15日正式挂牌成立，作为自治区市场监督管理局的部门管理机构，副厅级单位。负责贯彻落实党中央、国务院和自治区党委、政府及国家药品监督管理局亚博游戏官网：药品安全监督管理的方针政策和决策部署，承担药品、化妆品、医疗器械监督管理等职责。标志着广西大市场监管体系下药品专业化监管迈入新时代。